Der Stiftungsvorstand der Bürgerstiftung Berchtesgadener Land besteht zurzeit aus drei Personen. Geborenes Mitglied ist ein durch die Bank bestimmtes Mitglied aus dem Vorstand der Volksbank Raiffeisenbank Oberbayern Südost eG (ehemals Volksbank Raiffeisenbank Berchtesgadener Land eG). Die weiteren Vorstandsmitglieder werden für jeweils fünf Jahre durch das Stiftungskuratorium bestellt.
Der Stiftungsvorstand vertritt die Bürgerstiftung Berchtesgadener Land. Zu seinen Aufgaben gehört zudem die Anlage und Verwaltung des Stiftungsvermögens sowie die Verwendung der Stiftungsmittel entsprechend den Richtlinien. Der Vorstand wird durch den Geschäftsführer der Bürgerstiftung Berchtesgadener Land, Stefan Eisenreich, unterstützt. Stiftungsvorstand und Geschäftsführer arbeiten ehrenamtlich.